Sur le plan hydrologique, L’Yonne se situe en tête du bassin Seine-Normandie. L’Yonne en constitue le cours d’eau principal qui reçoit tous les affluents de l’est du département. La Puisaye se situe en tête de bassin du Loing.

L’Yonne méandre et s’encaisse, multipliant les sites rocheux attractifs jusqu’à Cravant où elle reçoit à droite la Cure ; puis traverse l’agglomération d’Auxerre, reçoit encore à droite le Serein, et l’Armançon à Migennes avant d’atteindre Joigny.

Elle passe à Sens, quitte la Bourgogne à Villeneuve-la-Guyard, et rejoint la Seine à Montereau-Fault-Yonne, avec un débit tel que l’on se demande encore, de l’Yonne ou de la Seine, qui est le fleuve et qui est l’affluent.

Son régime, marqué par le rapide écoulement des fortes pluies du Morvan (terrain peu perméable), est assez inégal pour que l’Yonne ait pu apparaître dangereuse, jusqu’à Paris, ce qui explique l’abondance des grands lacs-réservoirs aménagés au 19eme siècle et encore au 20eme siècle sur son parcours. Ils font aujourd’hui le bonheur des pêcheurs, estivants et sportifs.

Le débit moyen n’est cependant que de 75 m3/s.

La rivière et ses affluents, ont permis pendant plusieurs siècles l’acheminement de bois (par flottage) et de pierre de construction vers Paris, jusqu’au début du XXème siècle.

Aujourd’hui, en amont de Sens, qui reste un point de départ d’exportations de céréales via la Seine et Rouen, le trafic est exclusivement touristique, au centre d’un réseau de canaux réputés (Bourgogne et Nivernais).

Un plan de restauration des ouvrages (barrages et écluses) sur plusieurs années, permettra de rouvrir progressivement au trafic commercial (gabarit 1000 T) l’Yonne jusqu’à Joigny et Migennes, pour favoriser le transfert modal des céréales, matériaux de construction et même marchandises diverses en conteneurs.